Хирургия бөлімшесі Онкология орталығының ең көне клиникалық бөлімшесі. 2010 жылдың қазан айында Онкология орталығы жаңа ғимаратқа көшкеннен кейін 35 кереуетке арналған абдоминалды хирургия бөлімшесі ашылды. Сол кезден бастап бөлімшені тәжірибелі онкохирург, жоғары санатты дәрігер Ержан Мухатаевич Шаяхметов басқарды.

2015 жылдың тамыз айынан бастап бөлімше меңгерушісі болып жоғары санатты онкохирург дәрігер Олжабай Мұсайыпович Қожағалиев тағайындалды.

Бөлімшенің құрылған сәтінен бастап осы уақытқа дейін қызметкерлердің бар күштері диагностиканың, асқазан обырымен және ішперде артындағы ағзадан тыс ісіктермен ауыратын науқастарды хирургиялық және құрамдастырылған емдеу әдістерін жетілдіруге бағытталған.

Қазіргі уақытта бөлімшеде асқорыту жолдары, ішперде қуысы, ішперде артындағы қуыс, онкоурологиялық патология, тері обырларына қатысты барлық операциялар және сүйек ісіктері кезіндегі органдарды сақтайтын түрлі операциялар жасалады.

Асқазан-ішек жолдарының, кіші жамбас ағзалары және ішперде артындағы қуыстың жергілікті-таралған ісіктері кезінде екі не одан да көп органдардың резекциясымен кеңейтіп, құрамдастырылған операциялар, біржолғы тігуші-кесуші желілік және циркулярлы аппараттарды қолдана отырып, neorectum neosfinkter қалыптастырумен тік ішектің ультратөмен алдыңғы резекциясы жиі жасалады. Сонымен қатар бірсәттік илеопластика, уретероилеопластикамен радикалды цистэктомия жасалады. Бөлімшеде хирургиялық коррекцияны қажет ететін ілеспелі аурулармен үйлесетін (өт-тастық аурумен, түрлі жарықтармен, жатыр миомасымен үйлесу) бірсәттік операциялар жасалады.

Көп жылдар бойы абдоминалды онкология клиникасында жиналған тәжірибе, операцияның біліп-танылған техникалық егжей-тегжейі, жаңа технологиялардың енгізілуі, анестезиологиядағы және қарқынды терапиядағы жетістіктер асқазан-ішек жолдарының жергілікті-таралған формалы обырына шалдыққан науқастарға жасалатын операциялар көлемін кеңейтуге мүмкіндік берді. Бүгінгі күнде мұндай науқастарға күрделі құрамдастырылған оталар жасалуда.

Жыл бойы бөлімшеде орташа алғанда 600 науқас емделеді. Бұлардың 90% хирургиялық  араласуға душар болады.

Бөлімшеде алыс және жақын шетелдерге (Оңтүстік Корея, Израиль, АҚШ) оқуға барған жоғары білікті онкохирург дәрігерлер жұмыс жасайды..

Бөлімше құрамында төмендегідей:

- онкохирург дәрігерлер: Абдикаримов Ануар Маратович – екінші санатты дәрігер, Удовенко Дмитрий Геннадьевич – екінші санатты дәрігер, Омаров Ерлан Дулатович - екінші санатты дәрігер,  Акашева Дамира Мейрамбековна;

-  онкоуролог  дәрігер – м.ғ.д.  Давранов Анвар Жангирович,