Онкология орталығының құрылымдық бөлімшесі ретінде эндоскопиялық бөлімше 2012 жылы құрылды. Бөлімшенің дамуына зор үлес қосқан медициналық ғылымдар докторы, профессор Рустем Калимович Медеубаев. Бөлімшені құрылған күннен бастап эндоскопист дәрігер Алексей Геннадьевич Зеленый басқарып келеді. Білікті дәрігерлік көмекті Құралай Қанатовна Кунафина, Айнұр Ерлановна Асылбекова, Жазира Сабитовна Жакудаева көрсетеді. Бөлімше мамандары өз біліктіліктерін жақын және алыс шетелде үнемі арттырады. Бөлімше жұмысының негізгі мақсаты - ас қорыту және бронх-өкпелік жүйелердің қабыну, қатерсіз және ерте қатерлі ауруларын айқындау. Күн сайын эндоскопия бөлімшесінде көптеген эндоскопиялық диагностикалық зерттеулер өткізіледі, оның ішінде эзофагогастродуоденоскопия, колоноскопия және бронхоскопия, хромэндоскопияны және NBI (жіңішке спектрлі  эндоскопия) қолданумен назоларингоскопия, Helicobacter Pilori экспресс тәсілмен анықтау. Зерттеуді наркозбен өту мүмкіндігі бар. Сонымен қатар ас қорыту және бронхы-өкпе жүйелерінің ісікалды және ерте қатерлі ауруларын емдеудің жоғарытехнологиялы әдістері қолданылады. Төмендегідей емдік шаралар өткізіледі:

• полипэктомия
• сілемейлі қабықтың эндоскопиялық резекциясы
• сілемейасты қабатындағы диссекция
• ішек-қарын жолының қуыс органдарының, кеңірдектің және  ірі бронзылардың эндоскопиялық стенттеуі
• асқорыту жолдары құрылымдарының баллонды дилятациясы, сүмбілеу
• қан кетуді тоқтату
• қақпақшалы бронхоблокация
• реканализация (кеңірдектің және ірі бронхының өткізгіштігін қалпына келтіру)
• арықтауға арналған асқазан баллондарын орнату.

Барлық кабинеттер зерттеуді электронды тасымалдаушыға жазу мүмкіндігі бар Olympus Exera II заманауи видеоэндоскопиялық тіреулермен қамтамасыз етілген. Эндоскоптар Olympus автоматикалық жуу машиналарымен зарарсыздандыру және дезинфекция ережелерін сақтай отырып өңделеді, бұл біздің орталықта жасалған зерттеуді эпидемиологиялық тұрғыдан қауіпсіз етеді. Эндоскопия бөлімшесі емхананың үшінші қабатында орналасқан.